Konsep proteome pertama kali diusulkan oleh Marc Wilkins. Ini mengacu pada semua protein yang diekspresikan oleh genom (Genom), atau sel atau jaringan. Konsep proteome memiliki banyak perbedaan dengan konsep genom. Organisasi dan bahkan keadaan lingkungan berubah. Selama transkripsi, gen dapat dispantikkan dalam beberapa bentuk mRNA. Proteome bukanlah produk langsung dari genom. Jumlah protein dalam proteome kadang-kadang dapat melebihi jumlah genom. Proteomi berada dalam keadaan "pembangunan" awal. Para ahli di bidang ini menyangkal bahwa itu adalah metodologi murni. Sama seperti genomik, itu bukan sistem pengetahuan tertutup, dikonseptualisasikan dan stabil, tetapi bidang.
