Teknologi elektroforesis gel dua dimensi dan teknologi spektrometri massa saat ini adalah metode yang paling banyak digunakan untuk mempelajari proteomik. Teknologi elektroforesis gel dua dimensi menggunakan titik isokelektrik protein dan perbedaan berat molekul untuk membedakan berbagai protein. Meskipun sulit untuk membedakan protein kelimpahan rendah dengan elektroforesis gel dua dimensi, ia memiliki persyaratan yang lebih tinggi untuk operasi, tetapi throughputnya yang tinggi, resolusi dan reproduksi yang baik, dan karakteristiknya dikombinasikan dengan spektrometri massa menjadikannya metode penelitian Proteomik yang paling populer dan dapat diandalkan. Teknologi elektroforesis gel dua dimensi dan prosedur penelitian proteomik berbasis spektrometri massa adalah persiapan sampel→isoelectric focusing→polyacrylamide gel electrophoresis→gel menodai→cak protein dari analisis spektrometri pencernaan →in→in-gel untuk menentukan peptida Sidik jari atau sebagian asam amino urutan→gunakan database untuk menentukan protein. Penelitian proteomik membutuhkan pemisahan protein resolusi tinggi dan teknik identifikasi spektrometri massa yang akurat dan sensitif. Pewarnaan protein dalam elektroforesis gel tidak hanya mempengaruhi resolusi pemisahan protein, tetapi juga mempengaruhi identifikasi spektrometri massa berikutnya. Pewarnaan protein dapat dibagi menjadi empat kategori: pewarnaan reagen organik, pewarnaan perak, pewarnaan fluorescent dan pewarnaan isotop.
Unlu dkk. mengusulkan tampilan diferensial fluoresensi dua dimensi elektroforesis (F-2D-DIGE) metode analisis proteomikatif kuantitatif. Diferensial gel electrophoresis (DIGE) adalah peningkatan teknis 2-DE. Ini menggabungkan metode analisis fluoresensi ganda. Ini memisahkan beberapa sampel yang dilabeli dengan fluoresensi yang berbeda pada gel yang sama dan memperkenalkan internal Konsep yang mendasarinya. Protein dalam dua sampel dicampur dengan label fluorescent yang berbeda untuk melakukan 2-DE untuk mendeteksi ekspresi protein dalam dua sampel, yang sangat meningkatkan akurasi, keandalan, dan pengulangan hasil. Dalam teknologi DIGE, setiap titik protein memiliki standar internalnya sendiri, dan perangkat lunak dapat secara otomatis mengkalibrasi ekspresinya sesuai dengan standar internal setiap titik protein untuk memastikan bahwa perubahan kelimpahan protein yang terdeteksi benar. Teknologi DIGE telah diterapkan dalam berbagai sampel.