Gen dengan fungsi khusus "mengapung" dengan strain tanaman liar yang serupa, membuatnya tahan terhadap herbisida dan sulit dikendalikan; atau menyebabkan hama menghasilkan antibodi terhadap insektisida. Selain itu, beberapa makhluk kecil mungkin menjadi punah setelah makan tanaman yang dimodifikasi secara genetik dengan fungsi insektisida. Para pendukung menunjukkan bahwa produksi pertanian itu sendiri adalah kegiatan yang membahayakan lingkungan, dan tanaman yang dimodifikasi secara genetik tidak akan menyebabkan lebih banyak kerusakan pada lingkungan daripada pertanian tradisional. Tanaman memiliki kemampuan untuk melawan serangga, dan petani dapat mengurangi penyemprotan insektisida, yang bermanfaat bagi lingkungan dan perlindungan biologis.
Perselisihan semacam itu tidak mudah untuk menarik kesimpulan dalam waktu singkat. Kontroversi tentang tanaman yang dimodifikasi secara genetik harus dikatakan sebagai fenomena normal. Pertama-tama, varietas yang baru dikembangkan itu sendiri tidak sempurna, dan efek jangka menengah hingga panjang mereka pada tubuh manusia dan lingkungan tetap harus dilihat. Orang-orang mengungkapkan keprihatinan mereka karena alasan yang sah. Kedua, akan selalu ada beberapa orang konservatif yang tidak terbiasa dengan produk teknologi baru dan menolak untuk menerimanya. Kemudian ada dampak konflik kepentingan perdagangan. Pemerintah dan kelompok kepentingan beberapa negara menggunakan ketidakmampuan makanan yang dimodifikasi secara genetik untuk melawan perang dagang, membuat segalanya lebih rumit.